คณะ วิทยาศาสตร์เป็นหน่วยงานหนึ่ง ของมหาวิทยาลัยแม่โจ้สังกัดสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา กระทรวง
ศึกษาธิการตั้งแต่ วันที่ 1 กรกฎาคม 2546 เดิมสังกัดทบวงมหาวิทยาลัยได้รับการจัดตั้งตามประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ 110
ตอนที่ 34 เมื่อวันที่ 23 มีนาคม 2536 แต่เดิมคณะวิทยาศาสตร์ถือเป็นกลุ่มหมวดวิชาในภาควิชาศึกษาทั่วไป คณะธุรกิจการเกษตร
ในแผนพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติฉบับที่ 7 (พ.ศ. 2535 – พ.ศ. 2539) ได้กำหนดนโยบายด้านการผลิตและพัฒนากำลังคน
ในสาขาวิชาที่ขาดแคลนโดย ฉพาะด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีเพื่อ สนองนโยบายดังกล่าว มหาวิทยาลัยแม่โจ้ จึงได้ยกฐานะงาน
เดิมจาก หมวดวิทยาศาสตร์ รวมกับหมวดคณิตศาสตร์และสถิติ ภาควิชาศึกษาทั่วไป คณะธุรกิจการเกษตรจังตั้งขึ้นเป็นคณะวิทยาศาสตร์
และในระยะเริ่มต้นคณะกรรมการทบวงมหาวิทยาลัย ได้มีมติเห็นชอบให้จัดตั้ง คณะวิทยาศาสตร์ โดยแบ่งส่วนราชการ ให้มีสำนักงาน
เลขานุการ เพียงหน่วยงานเดียว ส่วนภาควิชาต่าง ๆ ยังไม่อนุมัติให้มีการแบ่งส่วนราชการ เนื่องจากเป็นระยะ เริ่มต้นของการจัดตั้งคณะ ฯ
โดยมีการพัฒนาเป็นลำดับดังนี้

                        พ.ศ. 2536 จัดตั้งคณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยแม่โจ้
                        พ.ศ. 2538 เริ่มรับนักศึกษาเพื่อผลิตบัณฑิต โดยเปิดสอนหลักสูตรวิทยาศาสตร์บันฑิต(วท.บ.) หลักสูตร 4 ปี  
                        สาขาวิชาวิทยาการคอมพิวเตอร์
                        พ.ศ. 2539 เปิดสอนหลักสูตรวิทยาศาสตร์บันฑิต (วท.บ.)หลักสูตร 4 ปี สาขาเทคโนโลยีชีวภาพ
                        พ.ศ. 2540 เปิดสอนหลักสูตรวิทยาศาสตร์บันฑิต (วท.บ.)หลักสูตร 4 ปี สาขาเคมี
                        พ.ศ. 2540 เปิดสอนหลักสูตรวิทยาศาสตร์บันฑิต (วท.บ.)หลักสูตร 4 ปี สาขาวิชาสถิติ
                        พ.ศ. 2540 เปิดสอนหลักสูตรวิทยาศาสตร์บันฑิต (วท.บ.)หลักสูตร 4 ปี สาขาวิชาเทคโนโลยีสารสนเทศ
                        พ.ศ. 2546 เปิดสอนหลักสูตรวิทยาศาสตร์บันฑิต (วท.บ.)หลักสูตร 4 ปี สาขาวิชาคณิตศาสตร์
                        พ.ศ. 2548 เปิดสอนหลักสูตรวิทยาศาสตร์มหาบันฑิต (วท.ม.) สาขาวิชาเทคโนโลยีชีวภาพ
                        พ.ศ. 2549 เปิดสอนหลักสูตรวิทยาศาสตร์มหาบันฑิต (วท.ม.) สาขาวิชาเคมีประยุกต์
                        พ.ศ. 2550 เปิดสอนหลักสูตรวิทยาศาสตร์บันฑิต (วท.บ.)หลักสูตร 4 ปี สาขาวิชาวัสดุศาสตร์
                        พ.ศ. 2552 เปิดสอนหลักสูตรวิทยาศาสตร์มหาบันฑิต (วท.ม.) สาขาวิชาพันธุศาสตร์
                        พ.ศ. 2552 เปิดสอนหลักสูตรปรัชญาดุษฎีบัณฑิต (วท.ด.) สาขาวิชาพันธุศาสตร์
                        พ.ศ. 2553 เปิดสอนหลักสูตรปรัชญาดุษฎีบัณฑิต (วท.ด.) สาขาวิชาเคมีประยุกต์
                        พ.ศ. 2553 เปิดสอนหลักสูตรปรัชญาดุษฎีบัณฑิต (วท.ด.) สาขาวิชาเทคโนโลยีชีวภาพ